Między XV a XVII wiekiem japońscy shinobi (w wolnym tłumaczeniu: „złodzieje”) zajmowali się sztuką kamuflażu, sabotażem oraz skrytobójstwem. Mieszkali w górskich osadach, gdzie mogli ćwiczyć potajemnie. Według Stephena Turnbulla, specjalisty w dziedzinie japońskiej historii wojskowości, „istniały wielkie klany wojowników, a techniki przekazywano z pokolenia na pokolenie wewnątrz tej samej rodziny”. Panowie feudalni często zatrudniali najemników ninja (termin przyjął się na Zachodzie ze względu na łatwiejszą wymowę), żeby pozbyć się wrogów, nie ściągając na siebie podejrzeń. Profesja przetrwała w ten sposób dwa stulecia. W XIX w. o wojownikach ninja zaczęły krążyć legendy – podobno umieli latać, chodzić po wodzie i stawać się niewidzialni. To właśnie tę wersję przejęło później kino.
Szacunek dla starszych
Doświadczeni wojownicy planowali misje, które mieli wykonać młodsi.
Genin – uczniami zostawali młodzi kandydaci, którzy trenowali od najmłodszych lat. Znali najprostsze techniki kamuflażu i pomagali starszym wojownikom ninja w najazdach i bitwach.
Chunin – wyszkoleni przez weteranów chunin stali na czele najtrudniejszych misji i przygotowywali uczniów (genin). Byli odpowiedzialni za realizację strategii najstarszych wojowników.
Jonin – mieli największe doświadczenie. Szkolili najlepszych i nadzorowali przygotowanie najmłodszych wojowników. Planowali najazdy i ataki, ale rzadko brali udział w misjach.
Średniowieczni nurkowie
Żeby móc niepostrzeżenie spędzić wiele godzin pod wodą, ninja rozprowadzali mech na powierzchni rzek i jezior, które zamierzali pokonać. Zmniejszało to widoczność fal wzburzanych ruchem szpiega. W płytkich wodach ninja musieli się czołgać. Oddychali dzięki kawałkom bambusa (fukyia), które mogły też służyć jako dmuchawki.
Zmiany fizyczne
Przygotowując się do zwiadu lub z myślą o ucieczce ninja uczyli się tanuki-gakure, czyli techniki bezgłośnego wspinania się na rośliny i skrywania pośród listowia. Wdrapywali się dzięki „szponom” – hokode. Innym sposobem było utwardzanie trzech paznokci u każdej stopy i dłoni poprzez zdrapywanie kory z drzew przez godzinę trzy razy w tygodniu.
Całkowita cisza
Przyszły szpieg musiał poruszać się niepostrzeżenie – na przykład wzdłuż ścian – oraz naśladować odgłosy zwierząt, a w nocy również skradać się przy świetle księżyca i ukrywać w cieniu drzew. Kroczący wojownik ninja stawiał stopy bokiem, a podczas biegu stąpał na ich przedniej części.
Zmyślony wizerunek
Na początku XIX wieku Katsushika Hokusai uwiecznił przedstawicieli japońskich zawodów na rysunkach manga, w tym wojownika ninja wspinającego się po sznurze. Pomimo braku podstaw historycznych ten wizerunek utrzymał się do dziś.
Niepozorny wygląd
Ubranie służyło jako kamuflaż i schowek na broń.
Tajemniczy rekwizyt – chusta, która zasłania twarz filmowych wojowników ninja w telewizji i w kinie, nazywa się tengui. Miała nie tylko utrudnić rozpoznanie szpiega, ale służyła również jako pas, pomoc we wspinaczce oraz opatrunek.
Strój wojenny – w wielu warstwach okrycia ukrywano broń. Miecz zawieszano na pasie na plecach, a kusari-gama, czyli łańcuch z sierpem na końcu, chowano przy kostce. Shuriken – gwiazdki ninja – ukrywano w wewnętrznej sakwie.
Czerń i czerwień – w podróży obszerne okrycia chroniły przed chłodem i deszczem. Czarne ubranie, mało widoczne podczas nocnych wypraw, miało czerwone akcenty, przez co ewentualne plamy krwi mniej rzucały się w oczy.