Konferencja początkowo miała się odbyć 9 grudnia 1941 r. Na ten dzień szef RSHA Reinhard Heydrich zaprosił przedstawicieli nazistowskich władz państwowych i SS w celu podjęcia przygotowań „koniecznych dla rozwiązania kwestii żydowskiej w Europie w aspekcie organizacyjnym, rzeczowym i materialnym”.

Termin planowanej narady przesunięty został jednak o kilka tygodni ze względu na japoński atak na Pearl Harbor i przystąpienie do wojny Stanów Zjednoczonych. 12 grudnia 1941 r., a więc dzień po wypowiedzeniu przez Niemcy wojny Stanom Zjednoczonym, Adolf Hitler wygłosił w Kancelarii Rzeszy przemówienie do reichsleiterów i gauleiterów, w którym oskarżył Żydów o rozpętanie wojny światowej.

Joseph Goebbels w swoich dziennikach zanotował: „Co do kwestii żydowskiej Fuehrer jest zdecydowany zrobić z tym porządek. Przepowiedział, że jeżeli wywołają kolejną wojnę światową, doświadczą własnego unicestwienia. To nie były puste słowa. Oto mamy wojnę światową. Unicestwienie żydostwa musi stać się nieuniknionym skutkiem. Na tę kwestię trzeba patrzeć bez sentymentów”.

Prof. Ian Kershaw pisząc o konsekwencjach wspomnianego przemówienia, stwierdza: „Partyjni przywódcy słuchając Hitlera 12 grudnia, w dramatycznym kontekście wojny wypowiedzianej Stanom Zjednoczonym i narastającego kryzysu na froncie wschodnim, zrozumieli przesłanie. Nie trzeba było żadnego rozkazu ani dyrektywy. Natychmiast dotarło do nich, że nadszedł czas rozliczenia”. (I. Kershaw „Hitler. 1941-1945. Nemezis”)

16 grudnia 1941 r. gubernator Hans Frank, zwracając się do wysokich urzędników administracji, mówił: „W Generalnym Gubernatorstwie mamy 2,5 miliona – a z tymi, którzy są spokrewnieni i tym podobne, 3,5 miliona Żydów. Nie możemy rozstrzelać 3,5 miliona Żydów, nie możemy ich otruć, ale musimy być w stanie podjąć kroki prowadzące do skutecznej eksterminacji”.

„+Ostateczne rozwiązanie+ - w znaczeniu fizycznej eksterminacji europejskich Żydów - ciągle nabierało kształtu. Ideologia totalnego unicestwienia zaczęła dominować nad jakąkolwiek, i tak już zamierającą ekonomiczną zasadą uśmiercania Żydów przez pracę” – dodaje prof. Kershaw.

20 stycznia 1942 r. w Wannsee pod Berlinem rozpoczęła się przełożona konferencja na temat „ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej” (Endloesung der Judenfrage) zorganizowana przez Główny Urząd Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA).

Przybyło na nią kilkunastu nazistowskich funkcjonariuszy reprezentujących najważniejsze instytucje III Rzeszy zaangażowane w program Zagłady: Ministerstwo Spraw Wewnętrznych, Ministerstwo Sprawiedliwości, Ministerstwo Okupowanych Terytoriów Wschodnich, Ministerstwo Spraw Zagranicznych, Biuro Planu Czteroletniego i Generalnego Gubernatorstwa. Obok szefa RSHA Heydricha obecni byli m.in. szef Gestapo Heinrich Mueller, dowódcy policji bezpieczeństwa w Generalnym Gubernatorstwie i na Łotwie - Karl Schoengarth i Otto Lange, oraz Adolf Eichmann – ekspert RSHA do spraw deportacji.

Przebieg narady, która trwała 90 minut, tak przedstawia prof. Michael Burleigh: „Heydrich, który wziął na siebie ciężar rozstrzygania +problemu żydowskiego+, wyjawił niedwuznacznie, że Żydzi mają zginąć, przy czym najsilniejsi fizycznie, którzy przetrwają niewolniczą pracę, będą zgładzeni z zastosowaniem jakiejś radykalniejszej metody. Zebrani biurokraci nie wyrazili sprzeciwu. W końcu Heydrich stwierdził, że osobiście odpowiada za realizację ostatecznego rozwiązania, i to zarówno kwestii dotyczących samej likwidacji Żydów, jak i tego, czy Żydów należy deportować – +bez oglądania się na granice geograficzne+”.

„Nikt z obecnych – pisze prof. Burleigh – nie przejawiał ochoty do dyskusji nad którymś z tych zagadnień. (…) Heydrich i ludzie z SS nakreślili ogólny zarys problemu i wyjawili, jak mają zamiar go rozwiązać. Odetchnąwszy z ulgą, nie słysząc od obecnych nawet słowa sprzeciwu wobec tego potwornego przedsięwzięcia, a także podekscytowany władzą, jaka mu przypadła, Heydrich udał się na krótką naradę z Eichmannem i Muellerem w jednym z bocznych pokojów i tam uczcił okazję koniakiem, wyzbywając się napięcia. Okazało się, że nie wynikły problemy, jakich oczekiwał w związku uzyskaniem zgody na wymordowanie jedenastu milionów ludzi”. (M. Burleigh „Trzecia Rzesza. Nowa historia”)

Według protokołu konferencji, zagładzie miało ulec 11 milionów europejskich Żydów, w tym 5 milionów na terenach ZSRS i ponad 3 miliony w Generalnym Gubernatorstwie.

Nazistowskie plany eksterminacji przyjęte w Wannsee obejmowały również ludność żydowską, która na początku 1942 r. znajdowała się poza terenami kontrolowanymi przez III Rzeszę. „Ostateczne rozwiązanie” miało więc dotyczyć także Żydów z Wielkiej Brytanii, Irlandii, Szwajcarii, Hiszpanii czy Turcji.

W protokole z narady w Wannsee zapisano: „Żydzi mają być użyci, jako siła robocza na terytoriach wschodnich. Ci, którzy są zdolni do pracy, zostaną podzieleni na grupy czy ekipy – osobno mężczyźni i kobiety – i ewakuowani do określonych miejsc. Podczas przesiedlania mają być użyci do budowy dróg, co wyeliminuje większą ich część. Ci, którym uda się przeżyć (…) muszą być traktowani w wiadomy sposób. Każde uchybienie w tej dziedzinie doprowadzić by mogło do odnowienia się żydostwa w Europie”.

„Konferencja w Wannsee była kamieniem milowym na drodze do tragicznego ludobójczego finału. Program deportacji miał na celu unicestwienie Żydów przez przymusową pracę i zagłodzenie na okupowanych terytoriach Związku Radzieckiego, co powinno nastąpić po zwycięskim zakończeniu wojny, ale wobec faktów zdecydowano, że Żydów trzeba poddać systematycznemu wyniszczeniu jeszcze przed jej zakończeniem – oraz że głównym miejscem tego wyniszczenia będzie nie Związek Radziecki, ale terytorium Generalnego Gubernatorstwa” – pisze prof. Kershaw.

O to, ażeby właśnie od Generalnego Gubernatorstwa rozpocząć realizację „ostatecznego rozwiązania” na konferencji prosił jego przedstawiciel, sekretarz stanu Josef Buehler, który jak najszybciej chciał „usunąć” ze swojego terenu 2,5 miliona Żydów. „Sekretarz stanu dr Buehler stwierdził, że Generalne Gubernatorstwo byłoby zadowolone, gdyby od niego rozpoczęto rozwiązywanie tego problemu, gdyż tutaj problem transportu nie jest skomplikowany i wzgląd na zatrudnienie nie hamowałby przebiegu tej akcji. Należałoby usunąć Żydów z terytorium Generalnego Gubernatorstwa jak najszybciej, bo właśnie tutaj Żyd stanowi duże niebezpieczeństwo, jako nosiciel epidemii i poza tym wywołuje stale zaburzenia w gospodarczej strukturze kraju z powodu ciągłego uprawiania pokątnego handlu” – czytamy w protokole konferencji.

Po konferencji w Wannsee, w celu przyspieszenia działań eksterminacyjnych, Niemcy rozpoczęli budowę obozów zagłady, w których Żydzi mieli być mordowani w komorach gazowych. Pierwszy taki obóz powstał jeszcze w grudniu 1941 r. w Chełmnie nad Nerem (Kulmhof). W ciągu następnych miesięcy powstały obozy w Bełżcu, Sobiborze, Treblince, na Majdanku i Auschwitz-Birkenau. Mimo tak szeroko zakrojonych działań przygotowujących do eksterminacji, ich faktyczny cel miał pozostać w tajemnicy. „Gauleiter dr Meyer jak i sekretarz stanu dr Buehler byli zdania, aby w toku realizacji ostatecznego rozwiązania dokonywać od razu na odnośnych terytoriach samodzielnie pewnych przygotowań, starając się jednakże o niewywoływanie zaniepokojenia wśród ludności” – stwierdzano w protokole konferencji.

Do obozów zagłady Żydów przywożono z gett utworzonych przez Niemców na ziemiach polskich, a także z innych krajów europejskich okupowanych przez III Rzeszę. Ogromna większość ofiar mordowana była tuż po przybyciu do obozów. Wypędzeni z wagonów ludzie musieli zostawić bagaż, a następnie pod pozorem kąpieli kierowano ich do przypominających łaźnie komór gazowych, gdzie byli uśmiercani. Zwłoki pomordowanych uprzątali więźniowie z tzw. Sonderkommano, paląc je w krematoriach lub specjalnych dołach.

Stworzony przez nazistów system eksterminacji ludności żydowskiej był przerażająco sprawny. W Treblince w ciągu jednego dnia można było zagazować 10-12 tys. osób.

Oblicza się, że w obozach zagłady Niemcy zamordowali blisko 3 milionów Żydów. W Auschwitz-Birkenau ok. 1 mln Żydów, w Treblince ok. 800-900 tys., w Bełżcu ok. 450 tys., w Sobiborze ok. 170-250 tys., w Chełmnie nad Nerem ok. 200 tys., na Majdanku ok. 60 tys.

Poza obozami zagłady Żydzi ginęli w masowych egzekucjach, umierali z głodu i chorób w gettach, w czasie transportów na miejsce zagłady, a także podczas „Marszów Śmierci” organizowanych przez Niemców w czasie ewakuacji obozów pod koniec wojny.

Liczbę Żydów zamordowanych przez Niemców i ich sojuszników w czasie II wojny światowej ocenia się łącznie na około 6 milionów. Prawie 5 milionów z nich zgładzono na ziemiach polskich okupowanych przez III Rzeszę. Blisko 3 miliony ofiar to polscy Żydzi.