Było ciepłe jesienne południe 21 listopada 1991 r., gdy prokurator Andrzej Witkowski, w towarzystwie kilku innych prokuratorów i policjantów, wkroczył   do siedziby Wojskowych Służb Informacyjnych w Bydgoszczy. Jego zamiarem było przesłuchanie sześciu funkcjonariuszy WSI, którzy mieli związek ze sprawą zabójstwa księdza Jerzego Popiełuszki. Śledztwo w tej sprawie Witkowski wszczął prawie rok wcześniej. Po kilku miesiącach dotarł do wstrząsających dokumentów MON, które o sto osiemdziesiąt stopni zmieniały wiedzę o tej zbrodni. Z opatrzonych klauzulą najwyższej tajności dokumentów wynikało, że już od 15 września 1984 roku, a więc na miesiąc przed uprowadzeniem księdza Jerzego, kilku funkcjonariuszy Wojskowych Służb Wewnętrznych (w 1989 roku przekształconych w Wojskowe Służby Informacyjne) śledziło każdy krok Grzegorza Piotrowskiego, Leszka Pękali, Waldemara Chmielewskiego i Adama Pietruszki – wszystkich oficerów Służby Bezpieczeństwa skazanych w procesie toruńskim. Ta informacja wskazywała, że ławę oskarżonych w sprawie zabójstwa księdza Jerzego ktoś przygotował już na miesiąc przed tym zabójstwem. Idąc tym tropem, Witkowski ustalił, że także tragicznego wieczoru 19 października 1984 roku, a więc w momencie uprowadzenia księdza Jerzego, sześciu funkcjonariuszy WSW ani na moment nie traciło z pola widzenia inwigilowanej grupy Piotrowskiego. Wnioski nasuwały się same: świadkami zbrodni było sześć nieznanych dotąd osób, które należało poddać jak najszybszemu przesłuchaniu. Rozpoczęte w południe przesłuchanie sześciu świadków zbrodni zakończyło się po północy i przyniosło zapowiedź przełomu. Dlaczego przesłuchujący byli zadowoleni, skoro oficerowie Wojskowych Służb Informacyjnych – pięciu mężczyzn i jedna kobieta – udzielali im zdawkowych, wymijających odpowiedzi? Powodem takiego stanu rzeczy był fakt, że troje funkcjonariuszy WSI, pod koniec wielogodzinnego przesłuchania, złożyło jednoznaczną deklarację: cała prawda za rządowe gwarancje bezpieczeństwa.

„Byli przerażeni, ale mimo to zadeklarowali dobrą wolę. Żądali tylko jednego: gwarancji bezpieczeństwa dla siebie i swoich rodzin. Wydawało się oczywiste, że ten warunek zostanie spełniony” – wspomina jeden z członków zespołu śledczego prokuratora Andrzeja Witkowskiego. W zgodnej opinii Witkowskiego i jego współpracowników następne przesłuchanie, wyznaczone na 28 listopada w Warszawie, miało przynieść przełom. Stało się inaczej. 22 listopada 1991 roku, nazajutrz po pierwszym przesłuchaniu, niemal w samo południe Andrzej Witkowski został wezwany do Ministerstwa Sprawiedliwości na naradę. Spotkanie nie trwało długo i ograniczyło się do przekazania prokuratorowi decyzji podjętej „kolegialnie” przez ministra Wiesława Chrzanowskiego i Stanisława Iwanickiego, że jego rola, jako prowadzącego śledztwo w sprawie zabójstwa księdza Jerzego Popiełuszki, została zakończona.

„Nie od razu to do mnie dotarło. Nie potrafiłem zrozumieć, jak to możliwe, że w sprawie tak ważnej, w wolnej Polsce, odbiera mi się śledztwo w przededniu historycznego odkrycia” – wspominał przed kilku laty Witkowski, któremu obecnie ministerialny zakaz nie pozwala na wypowiadanie się w tej sprawie. Po kilku godzinach, od współpracujących z nim funkcjonariuszy policji, dowiedział się, co mogło być przyczyną decyzji przełożonych. „W ramach śledztwa u generałów Wojciecha Jaruzelskiego i Czesława Kiszczaka założono podsłuchy telefoniczne. W trakcie jednej z rozmów Jaruzelski poinformował Kiszczaka, że sprawy zaczynają przybierać niekorzystny obrót i trzeba »zrobić coś z tym prokuratorem «”– mówi proszący o anonimowość współpracownik Andrzeja Witkowskiego. Kilka godzin po tej rozmowie Witkowski dowiedział się o zakończeniu swojej misji. Do drugiego przesłuchania sześciu oficerów WSI, którzy byli świadkami uprowadzenia księdza Jerzego Popiełuszki, nie doszło do dziś.

Historia bez końca