Po rozwodzie z Józefiną, Napoleon ożenił się z córką pokonanego cesarza Austrii Marią Ludwiką (1810 r.). Młoda, niespełna 20-letnia żona dała mu wytęsknionego następcę tronu – Napoleona Franciszka Karola Józefa Bonaparte, nazywanego „Orlątkiem”. Mimo że Napoleon abdykował na jego rzecz, koalicja zwycięskich mocarstw nie pozwoliła chłopcu objąć władzy. Niedoszły Napoleon II spędził większość życia w Austrii, gdzie zmarł bezpotomnie  w wieku 21 lat. Cesarzowi przypisuje się jeszcze sześcioro nieślubnych dzieci. Najbardziej znani to hrabia Karol de Leon, którego matka Eleonora Denuelle była damą na dworze jednej z sióstr Napoleona, oraz hrabia Aleksander Colonna Walewski – owoc słynnego romansu z Marią Walewską.