Galeria powstała dzięki staraniom prof. Kazimierza Michałowskiego, dlatego obecnie nosi jego imię. Archeolog na początku lat 60. ubiegłego wieku odpowiedział na apel UNESCO o pomoc w ratowaniu zabytków zagrożonych zalaniem wodami Nilu, w związku z budową Wysokiej Tamy Asuańskiej. Już w czasie pierwszej kampanii wykopaliskowej Polacy odkryli nubijską katedrę z VIII wieku. Na jej ścianach znajdowało się ponad 120 malowideł ściennych o tematyce religijnej pochodzących z VIII–XIV wieku. Dzisiaj ponad 60 z nich można podziwiać w Muzeum Narodowym w Warszawie. Jednak do Polski przywieziono również inne zabytki. Cały zbiór stanowi do dziś największy i najcenniejszy zespół zabytków archeologicznych pochodzących z wykopalisk prowadzonych za granicą, jaki udało się pozyskać do polskich zbiorów muzealnych.

Odkrycie szybko stało się światową sensacją i jednym z najważniejszych dokonań kampanii nubijskiej. Jednocześnie położyło podwaliny do stworzenia polskiej szkoły archeologii.

Galerię eksponatów przygotowano w nowej aranżacji i według nowego scenariusza. Muzealnicy wykorzystali szereg multimediów. Dzięki nim również osoby z dysfunkcjami wzroku i słuchu zapoznają się z dziejami chrześcijańskiej Nubii, architekturą, malowidłami katedry, z ich ciekawą ikonografią. Zadbano również o stworzenie odpowiedniej atmosfery - część sali zaprojektowano tak, by oddawała nastrój panujący w historycznym wnętrzu sakralnym. Oryginalne malowidła rozmieszczono podobnie jak w faraskiej świątyni. Oglądając je zwiedzający mogą posłuchać oryginalnych koptyjskich śpiewów liturgicznych. Przygotowano również, zrekonstruowane w technologii trójwymiarowej, wnętrze kościoła ze wszystkimi malowidłami, również tymi, które obecnie znajdują się w Sudańskim Muzeum Narodowym w Chartumie. Ekspozycję wzbogacają pokazy filmów archeologicznych i fotografii archiwalnych.

Nad uroczystym otwarciem galerii honorowy patronat objęło UNESCO.