W ramach badania Chiu i jego zespół zbadali próbki wirusów pobrane od 36 pacjentów z dziewięciu hrabstw Kalifornii. Zsekwencjonowali genomy wirusa bezpośrednio z próbek, stosując nową metodę o nazwie MSSPE – sekwencjonowanie metagenomiczne z wzbogacaniem primerów.

Byli w stanie użyć sekwencjonowania do identyfikacji szczepów, które zainfekowały każdego z 36 pacjentów, i porównać je z innymi znanymi sekwencjami szczepów koronawirusa SARS-CoV-2.

– Odkryliśmy, że do Kalifornii wprowadzono wiele różnych linii wirusa. Przynajmniej w ciągu pierwszych kilku tygodni po pojawieniu się koronawirusa w USA, nie rozprzestrzeniał się swobodnie w całym stanie, ale był wprowadzany w oddzielnych incydentach – powiedział Chiu.

Dr Chiu stwierdził, że ma nadzieję, że metoda MSSPE zostanie dostosowana do wykonywania szybkich sekwencji genomu próbek pobranych bezpośrednio od pacjentów, gdy są oni poddawani pierwszym testom. To pomogłoby w śledzeniu rozprzestrzeniania się wirusa i jego pochodzenia.

 

Standardowe badanie szczepu

Badania pokazują, że jeden ze szczepów koronawirusa obecny u pacjentów  z USA, odpowiada także za wybuch epidemii na wycieczkowcu Diamond Princess. Zakażonych zostało 700 pasażerów i członków załogi wycieczkowca, a 9 z nich zmarło.

Zdaniem dra. Charlesa Chiu, profesora medycyny laboratoryjnej na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Francisco, który kierował badaniami, za powstanie ogniska epidemii na statku najprawdopodobniej odpowiada jedna osoba, która była nosicielem wirusa.

Niewykluczone, że chodzi o pasażera ze Stanów Zjednoczonych. Może wskazywać na to genotyp szczepu wirusa, szeroko obecnego u pacjentów w stanie Waszyngton, ale też poza nim.

Chiu podał też inny – szybko zlokalizowany i ograniczony – wybuch epidemii, który zatrzymał się na zaledwie trzech przypadkach. Chodzi o pacjentkę z hrabstwa Solano, która zaraziła koronawirusem dwóch pracowników opieki zdrowotnej, którzy się nią opiekowali. Dzięki szybkiej reakcji transmisja wirusa została zatrzymana i nie doszło do kolejnych zakażeń.

 

Utracona szansa

– To pokazuje, że w Północnej Kalifornii wylądowało kilka różnych iskier, z których wiele zgasło prawdopodobnie ze względu na połączenie środków zapobiegawczych ochrony zdrowia publicznego i szczęścia – skomentował wyniki badań biolog ewolucyjny Michael Worobey, który nie uczestniczył w analizie.

Worobey, kierownik Wydziału Ekologii i Biologii Ewolucyjnej Uniwersytetu Arizony, przeprowadził inne badanie dotyczące pojawienia się koronawirusa w Stanach Zjednoczonych. Również stwierdził, że szybkie, intensywne śledzenie kontaktów mogło powstrzymać wczesne rozprzestrzenianie się wirusa.

Zdaniem Chiu odkrycia jego zespołu pokazują, jak wiele szans na powstrzymanie epidemii, zostało utraconych, choć wirus wielokrotnie – i różnymi drogami – pojawiał się w Kalifornii.

– Po prostu nie mieliśmy infrastruktury do jego wykrywania, która była potrzebna – powiedział.

Odkrycia są dowodem na to, że ograniczenia w przemieszczaniu się mogą zadziałać, jeśli zostaną wprowadzone odpowiednio wcześnie i będą dokładnie przestrzegane. Z kolei dystans społeczny i obostrzenia dotyczące zakazu zgromadzeń są pomocne w ograniczeniu przenoszenia infekcji wewnątrz społeczności.