Paweł Czaplewski poza tym, że był księdzem, stał się również znanym historykiem dziejów Pomorza. W czasie II wojny światowej, jak wielu pomorskich duchownych, został aresztowany. We wrześniu 1940 roku trafił do obozu koncentracyjnego Stutthof. Był tam jednak tylko kilka tygodni. W październiku został zwolniony. Co się stało, że hitlerowskie władze podjęły taką decyzję? 

„Zapadałem się szybko i już śmierć mi w oczy zaglądała” – napisał w  autobiografii. Nic dziwnego, kilka miesięcy wcześniej w tym samym obozie życie stracił jego brat. A jednak: „nagle przez rzadki zbieg okoliczności na wolność się dostałem”. Większość biografów Czaplewskiego, podobnie jak on sam, niechętnie poruszała ten wątek. Z kolei w opowieściach mieszkańców parafii Miłobądz historia jego uwolnienia z obozu jest ciągle żywa. Podkreślają, że udział w uwolnieniu ich proboszcza miał sam Adolf Hitler.

Kiedy Czaplewski został aresztowany oraz osadzony w Stutthofie, jego gospodyni pani Sikorzanka napisała list do kanclerza III Rzeszy z informacją, że jego znajomy sprzed lat został osadzony w obozie koncentracyjnym. Okazało się, że kilkanaście lat wcześniej w Wiedniu ksiądz zawarł znajomość z malarzem pocztówek i dekoratorem wnętrz Adolfem Hitlerem, włóczącym się po tanich schroniskach i knajpach. Podobno przegadali wtedy w jednym z lokali kilka godzin o polityce. Kiedy Hitler został kanclerzem, polski ksiądz pogratulował mu i dostał odpowiedź z kanclerską pieczęcią. Teraz do Berlina posłano kolejne pismo.

W odpowiedzi na list Hitler podjął odpowiednie działania i Czaplewski został uwolniony. W opowieściach parafian powtarza się informacja, że Hitler wysłał po ks. Czaplewskiego swój osobisty samochód, którym odwieziono go do Miłobądza. Opuszczając obóz, duchowny zobaczył jednego z swoich wcześniejszych wikarych. Wskazał na niego i powiedział, że ten ma iść z nim. Oprawcy ze Stutthofu nie ośmielili się odmówić znajomemu samego Führera i zwolnili wikarego. Tyle opowieść.

Niestety, nie można potwierdzić autentyczności tych wydarzeń na podstawie dokumentacji przechowywanej w Muzeum Stutthof w Sztutowie. Nie zachował się żaden dokument potwierdzający, że ksiądz w ogóle był więźniem obozu. W archiwum brakuje kart wielu więźniów.  

Po powrocie do Miłobądza proboszcz podporządkował się zarządzeniom władz okupacyjnych, m.in. wywiesił na kościele parafialnym flagę ze swastyką. Podobnie jak wielu Pomorzan, przyjął również III grupę Niemieckiej Listy Narodowościowej. Po wojnie trudno mu się żyło ze świadomością, że życie zawdzięczał katowi Europy. Unikał ludzi. W 1945 roku został na krótko uwięziony przez Urząd Bezpieczeństwa pod zarzutem zorganizowania manifestacji – za odprawienie mszy żałobnej. Zwolniony został po proteście Zarządu Głównego Związku b. Więźniów Hitlerowskich Obozów Koncentracyjnych. Zmarł 12 stycznia 1963 roku. Jego grób znajduje się na cmentarzu w Godziszewie, na trasie pomiędzy Starogardem Gdańskim a Gdańskiem.