Podczas zdobywania krzyżackich twierdz na Pomorzu w latach 1462–1466 taktyczny talent Dunina nie błyszczał już tak jak pod Świecinem. Osobiście brał udział w oblężeniu Gniewa, Nowego i Chojnic, ale zdobyto je po prostu… głodem. Dookoła każdej obleganej twierdzy Polacy wznosili podwójne drewniano- ziemne umocnienia. Z jednej strony uszczelniały one pierścień okrążenia i umożliwiały odpowiednie kierowanie ogniem dział. Z drugiej zaś zapewniały obronę przed atakami przeciwnika. Wprowadzenie tych umocnień nie było pomysłem Dunina. Po raz pierwszy zastosował je Prandota Lubieszowski. Pewną nowością było blokowanie twierdz również od strony Wisły – przy zastosowaniu łodzi przysłanych z Gdańska i Torunia. Użyto ich podczas oblężenia Gniewa i Nowego. Dyskutować jednak można, czy była to rzeczywiście zasługa Dunina, czy też raczej towarzyszącego mu dowódcy z Gdańska.

Upadek Chojnic przypieczętował los Zakonu. Krzyżacy musieli podpisać pokój i Dunin mógł wracać do domu. W pole wyruszył ponownie w 1471 r. jako naczelny dowódca wojsk, które towarzyszyły królewiczowi Kazimierzowi w wyprawie po koronę węgierską. Tym razem miał aż 12.000 zaciężnego wojska. Na dodatek dołączyło później do niego wojsko Pawła Jasieńskiego, który wracał z Czech.

Wyprawa węgierska nikomu chluby nie przyniosła. Miasta zamykały przed Polakami bramy. Na niewiele zdały się manifesty Dunina o poparcie dla królewicza Kazimierza. Ufortyfikowany Peszt nie chciał poddać się bez walki. Polacy wycofali się więc do Nitry. Tutaj wyprawa utknęła na wiele dni, a tymczasem król Maciej Korwin zaczął wypierać Polaków z poszczególnych prowincji. Z ponad 12-tysięcznej armii Duninowi pozostało zaledwie 4000 żołnierzy. Trzeba było podjąć decyzję o odwrocie. Właściwie nie wiadomo, kto w większym stopniu odpowiadał za porażkę – Piotr Dunin jako dowódca wojskowy czy przywódcy polityczni.

Dziedzic Prawkowic stanął ponownie na czele wojska po ciężkiej chorobie, którą przeszedł w 1476 r. Król mianował go dowódcą armii, wysłanej przeciw popieranemu przez Krzyżaków biskupowi warmińskiemu Tungenowi. Dunin rezydował wtedy na stałe w Malborku, a komendę nad wojskiem sprawował jego syn – Jan Biały ze Sroczkowa. Znów więc trudno się odnosić do efektów dowództwa Dunina. Kiedy syn pustoszył Pomezanię, Warmię i zdobywał Kwidzyn, ojciec pilnował zamku w Malborku i prowadził rokowania ze stanami pruskimi. Kto wie, czy nie było to trudniejsze od dowodzenia…